RDKit | 比较分子之间的相似性

                                                     比较分子之间的相似性

获取结构和数据，将SMILES转换为RDKit分子对象，然后比较相似性。

1.导入python模块

  

   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      import seaborn as sns
     
    
   

    

     

    
    

     

      import matplotlib as plt
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem as Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import PandasTools
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      %matplotlib inline
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #load data
     
    
   

    

     

    
    

     

      data = pd.read_csv('molecules.tsv', sep = '\t')
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #View first five rows
     
    
   

    

     

    
    

     

      data.head()
     
    
  
 

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原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/100751963