RDKit | 分子坐标的测量和绘图

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DrugAI 发表于 2021/07/15 05:34:37 2021/07/15
【摘要】   导入库 from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem.Draw import IPythonConsolefrom rdkit.Chem import PyMolimport pickle molH = pickle.load(open('molH_confs.pkl...

 

导入库


  
  1. from rdkit import Chem
  2. from rdkit.Chem import AllChem
  3. from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
  4. from rdkit.Chem import PyMol
  5. import pickle
molH = pickle.load(open('molH_confs.pkl','rb'))
 
confs = molH.GetConformers()
 
diheds = [Chem.rdMolTransforms.GetDihedralDeg(conf,1,3,4,5) for conf in confs]
 

  
  1. %matplotlib inline
  2. import matplotlib.pyplot as plt
  3. plt.style.use('ggplot')

  
  1. fig,ax = plt.subplots()
  2. n,bins,patches = ax.hist(diheds,bins=36)
  3. ax.set_xlabel('Dihedral Angle')
  4. ax.set_ylabel('Counts');

文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。

原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/100833313

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