RDKit | 化合物库的相似性分析

               展示一种小分子数据库的相似性分析策略。

实例中使用SMILES文件，该分析可以以相同的方式从分子的SDF或其他格式文件中加载数据，只需确保使用适当的方法将分子加载到RDKit中。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import os
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import matplotlib.pyplot as plt
     
    
   

    

     

    
    

     

      from matplotlib import gridspec
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem, DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Fingerprints import FingerprintMols
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      # clustering
     
    
   

    

     

    
    

     

      from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage
     
    
  
 

载入数据

该库包含超过8 000 000个SMILES。

  

   

    

     

    
    

     

      database=[]
     
    
   

    

     

    
    

     

      with open('mol_parent.smi','r') as file:
     
    
   

    

     

    
    

     
 for index,line in enumerate(file):
     
    
   

    

     

    
    

     
 if 0<index<=1: # 查看第一个smiles
     
    
  
 

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