RDKit | 基于Ward方法对化合物进行分层聚类

从许多化合物构建结构多样的化合物库：

1. 聚类方法
2. 基于距离的方法
3. 基于分类的方法
4. 使用优化方法的方法

通过使用Ward方法进行聚类从化合物库中选择“各种”化合物，Ward方法是分层聚类方法之一。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase, Chem, DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D, IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      import matplotlib.pyplot as plt
     
    
   

    

     

    
    

     

      from sklearn.cluster import AgglomerativeClustering
     
    
   

    

     

    
    

     

      %matplotlib inline
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(rdBase.rdkitVersion)
     
    
  
 

载入数据

  

   

    

     

    
    

     

      suppl = Chem.SDMolSupplier('Screening_Collection.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols_free = [x for x in suppl if x is not None]
     
    
   

    

     

    
    

     

      len(mols_free)
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/101108342