RDKit | 基于SMILES查找化合物的MACCS密钥
【摘要】 导入包
from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import MACCSkeysfrom rdkit import DataStructsimport numpy as np
载入smiles并计算MACCS Keys
mol = Chem.MolFromSmiles('OC(=O)C1=C(C=CC=C1)C2=C3C=CC(=O)...
导入包
-
from rdkit import Chem
-
from rdkit.Chem import MACCSkeys
-
from rdkit import DataStructs
-
import numpy as np
载入smiles并计算MACCS Keys
-
mol = Chem.MolFromSmiles('OC(=O)C1=C(C=CC=C1)C2=C3C=CC(=O)C(=C3OC4=C2C=CC(=C4Br)O)Br')
-
fps = MACCSkeys.GenMACCSKeys(mol)
print(fps)
<rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x000002C5F28A1F30>
-
fp_bits = tuple(fps.GetOnBits())
-
print(fp_bits)
(46, 57, 62, 87, 89, 98, 101, 105, 107, 113, 123, 125, 127, 131, 134, 136, 137, 139, 140, 143, 144, 145,
文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。
原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/101697880
【版权声明】本文为华为云社区用户转载文章,如果您发现本社区中有涉嫌抄袭的内容,欢迎发送邮件进行举报,并提供相关证据,一经查实,本社区将立刻删除涉嫌侵权内容,举报邮箱:
cloudbbs@huaweicloud.com
- 点赞
- 收藏
- 关注作者
评论(0)