RDKit | 生物大分子的HELM表示法

HELM

HELM : Hierarchical Editing Language for Macromolecules

        HELM可以表示各种生物分子，例如蛋白质，核苷酸，抗体药物偶联物等，其大小和复杂性使现有的基于小分子和基于序列的信息学方法学不可行或不可用。

HELM 表示法示例

将HELM字符串替换为要可视化的HELM字符串，还可以将Mol对象转换为其他格式，例如SMILES，可以将其转换为HELM表示法。

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      import matplotlib.pyplot as plt
     
    
   

    

     

    
    

     

      %matplotlib inline
     
    
   

    

     

    
    

     

      import matplotlib as mpl
     
    
   

    

     

    
    

     

      mpl.rcParams['figure.figsize']= 10,10
     
    
  
 

helmstring = "PEPTIDE1{A.G.R.P.L}$$$$V2.0"
 

  

   

    

     

    
    

     

      mol = Chem.MolFromHELM(helmstring)
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol
     
    
  
 

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