RDKit | 基于分子指纹的分子相似性

分子相似性：

相似性原理（similar property principle）指出，总体相似的分子应具有相似的生物活性。

相似性评估

化合物的指纹对于使用计算机考虑化合物的相似性是必需的。已经提出了各种评估方法，但是最常用的评估方法称为“ Tanimoto系数 ”。使用以下等式从两个分子A和B的位阵列指纹计算Tanimoto系数：

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase, Chem, DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Avalon import pyAvalonTools
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem, Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Fingerprint
     
    
  
 

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