RDKit | 基于分子形状的比对

                                     基于分子形状的比对对于虚拟筛选和骨架跃迁都是非常有用的。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import os
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import RDConfig
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import PyMol
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Subshape import SubshapeBuilder, SubshapeAligner, SubshapeObjects
     
    
  
 

载入数据

mols = [ Chem.AddHs(m) for m in Chem.SDMolSupplier("cdk2.sdf")]
 

可视化（调用Pymol）

  

   

    

     

    
    

     

      v = PyMol.MolViewer()
     
    
   

    

     

    
    

     

      cidslist=[]
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/102603960