RDKit | 基于分子指纹的相似性图

Similarity Maps

相似性图是一种可视化原子对分子和参考分子之间相似性的贡献的方法。相似性图可用于可视化和确认相似区域。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
     
    
   

    

     

    
    

     

      %matplotlib inline
     
    
  
 

载入数据

ms = [m for m in Chem.SDMolSupplier('mols.sdf')]
 

绘制相似图

  

   

    

     

    
    

     

      weights = SimilarityMaps.GetAtomicWeightsForFingerprint(ms[0], ms[1], SimilarityMaps.GetMorganFingerprint)
     
    
   

    

     

    
    

     

      fig = SimilarityMaps.GetSimilarityMapFromWeights(ms[1], weights, size=(300, 300
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/102595442