RDKit | 计算拓扑极性表面积TPSA

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DrugAI 发表于 2021/07/15 03:04:02 2021/07/15
【摘要】 极表面积(PSA)         化合物的极性表面积(PSA)是分子表面极性部分的面积值的总和。极性部分通常在诸如氧或氮的杂元素周围,因此可以认为这些部分结构是加在一起的。   PSA的特点         PSA是描述分子的极性和脂溶性的描述符,例如辛醇/水分配比(logP)...

极表面积(PSA)

        化合物的极性表面积(PSA)是分子表面极性部分的面积值的总和。极性部分通常在诸如氧或氮的杂元素周围,因此可以认为这些部分结构是加在一起的。

 

PSA的特点

        PSA是描述分子的极性和脂溶性的描述符,例如辛醇/水分配比(logP)。在PSA和膜渗透性的实验数据之间发现了很好的相关性。例如太大PSA(140埃2具有上述化合物)已被经验已知为具有低的膜渗透性。

 

分子构象

        从定义中可以看出,计算PSA需要分子的三维结构。由于分子不一定具有一个构象,因此柔性分子可能需要找到几种构象的PSA。。

分子表面计算

必须计算出某个三维结构/构象的分子表面,才能计算出PSA。分子表面是范德华表面,并且缺乏均匀性。

 

拓扑极性表面积(TPSA

文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。

原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/102552770

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