RDKit | 统计分子库中某种元素出现的次数

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdMolDescriptors
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import warnings
     
    
   

    

     

    
    

     

      warnings.filterwarnings("ignore")
     
    
  
 

载入数据

df = pd.read_csv('smiles.csv')
 

将smiles转换为RDKit的mol对象

df['mol'] = df['smiles'].apply(lambda x: Chem.MolFromSmiles(x))
 

绘制结构

Draw.MolsToGridImage(df['mol'][:5], molsPerRow=5, legends=list(df['smiles'][:5].values))
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/102590698