DGL | 基于JTNN可视化给定分子的邻居分子

JTNN

JTNN ： Junction Tree Variational Autoencoder for Molecular Graph Generation

JTNN使用称为联合树算法从分子图形成一棵树。然后，模型会将树和图编码为两个单独的向量z_G和z_T。

JTNN是一种自动编码器模型，旨在学习分子图的隐藏表示。这些表示可用于下游任务，例如属性预测或分子优化。

基于JTNN可视化给定分子的邻居分子

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import torch
     
    
   

    

     

    
    

     

      from torch.utils.data import DataLoader, Subset
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      import argparse
     
    
   

    

     

    
    

     

      from dgl import model_zoo
     
    
   

    

     

    
    

     

      import rdkit
     
    
   

    

     

    
    

     

      from dgl.examples.pytorch.model_zoo.chem.generative_models import jtnn
     
    
   

    

     

    
    

     

      from dgl.model_zoo.chem.jtnn import JTNNDataset, cuda, JTNNCollator
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.C
     
    
  
 

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