RDKit | 基于RDKit去除片段（盐或络合物等）

简介

如果mol文件或smiles包含多个化合物（片段），则会干扰后续的描述符计算等。

环境

• Python3.6
• RDKit 2019.09.1.0

去除盐

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.SaltRemover import SaltRemover
     
    
  
 

载入数据

smis = ("CN(C)C.Cl", "CN(Br)Cl.Cl", "CC(=O)O.[Na]", "CN(C)C.Cl.Br")
 

去除盐

  

   

    

     

    
    

     

      remover = SaltRemover(defnData="[Cl,Br]")
     
    
   

    

     

    
    

     

      for smi in smis:
     
    
   

    

     

    
    

     

       mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
     
    
   

    

     

    
    

     

       mol2 = remover.StripMol(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

       smi2 = Chem
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/103782297