RDKit | 处理RDKit分子Mol对象

Mol对象的组成

由于Mol对象是分子，因此它们自然是由原子组成的。分子是通过原子间键的形成而形成的。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase, Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem, Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      print('rdkit version: {}'.format(rdBase.rdkitVersion))
     
    
  
 

rdkit version: 2019.09.3

载入数据

  

   

    

     

    
    

     

      suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20200114172835.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols = [x for x in suppl if x is not None]
     
    
   

    

     

    
    

     

      len(mols)
     
    
  
 

Atom对象

Mol.GetAtoms()
Mol.GetAtomWithIdx(idx) 

for mol in
 

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原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/103975720