RDKit | 基于RDKit绘制带原子索引的分子

RDKit可以使用IPythonConsole轻松绘制分子。

 用原子索引绘制分子。

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      IPythonConsole.ipython_useSVG = True
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      def mol_with_atom_index( mol ):
     
    
   

    

     

    
    

     

       atoms = mol.GetNumAtoms()
     
    
   

    

     

    
    

     
 for idx in range( atoms ):
     
    
   

    

     

    
    

     

       mol.GetAtomWithIdx( idx ).SetProp( 'molAtomMapNumber', str( mol.GetAtomWithIdx( idx ).GetIdx() ) )
     
    
   

    

     

    
    

     
 return mol
     
    
  
 

mol = Chem.MolFromSmiles( "C1CC2=C3C(=CC=C2)C(=CN3C1)[C@H]4[C@@H](C(=O)NC4=O)C5=CNC6=CC=CC=C65" )
 

  

   

    

     

    
    

     

      #Default
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      #With index
     
    
   

    

     

    
    

     

      mol_with_atom_index(mol)
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/104830716