RDKit | 基于RDKit计算3D药效团指纹

3D Pharmacophore指纹

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem, DataStructs, RDConfig
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Pharm2D import Gobbi_Pharm2D, Generate
     
    
  
 

载入数据，产生3D结构

  

   

    

     

    
    

     

      mol = Chem.MolFromSmiles( 'O=C2C(Cc1ccc(cc1)C(C(=O)O)C)CCC2' )
     
    
   

    

     

    
    

     

      AllChem.EmbedMolecule(mol) #gen 3d
     
    
  
 

计算3D Pharmacophore指纹

  

   

    

     

    
    

     

      factory = Gobbi_Pharm2D.factory
     
    
   

    

     

    
    

     

      #calc 3d p4 fp
     
    
   

    

     

    
    

     

      fp = Generate.Gen2DFingerprint(mol, factory, dMat = Chem.Get3DDistanceMatrix(mol))
     
    
   

    

     

    
    

     

      fp
     
    
  
 

<rdkit.DataStructs.cDataStructs.SparseBitVect at 0x203f2aff9b0>

len(fp)
 

39972

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