RDKit | 基于RDKit获取分子3D距离矩阵

获取分子的3D距离矩阵时，使用Get3DDistanceMatrix方法。
 

 导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdDistGeom as molDG
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      mol = Chem.MolFromSmiles('CCC')
     
    
   

    

     

    
    

     

      bm = molDG.GetMoleculeBoundsMatrix(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      bm
     
    
  
 

array([[0. , 1.524 , 2.51279063], [1.504 , 0. , 1.524 ], [2.43279063, 1.504 , 0. ]])

AllChem.EmbedMolecule(mol)
 

0

  

   

    

     

    
    

     

      dm=AllChem.Get3DDistanceMatrix(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      dm
     
    
  
 

array([[0. , 1.50401361, 2.47848679], [1.50401361, 0. , 1.50913087], [2.47848679, 1.50913087, 0. ]])

mol1 = Chem.MolFromSmile
 

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