RDKit | 基于RDKit从分子中提取3D药效团特征
【摘要】 从分子中提取3D药效团特征
导入库
import osfrom rdkit import Geometryfrom rdkit import RDConfigfrom rdkit.Chem import AllChemfrom rdkit.Chem import ChemicalFeaturesfrom rdkit.Chem.Pharm3D import Pharmaco...
从分子中提取3D药效团特征
导入库
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import os
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from rdkit import Geometry
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from rdkit import RDConfig
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from rdkit.Chem import AllChem
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from rdkit.Chem import ChemicalFeatures
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from rdkit.Chem.Pharm3D import Pharmacophore
载入数据,计算3D药效团特征
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FEAT = os.path.join(RDConfig.RDDataDir, "BaseFeatures.fdef")
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featfact = ChemicalFeatures.BuildFeatureFactory(FEAT)
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mol = Chem.MolFromSmiles('c1cccnc1')
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AllChem.EmbedMolecule(mol)
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feats = featfact.GetFeaturesForMol(mol)
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for feat in feats:
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print(feat.GetFamily())
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pos = feat.GetPos()
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print(pos.x, pos.y, pos.z)
Acceptor -0.7520182725486869 1.1296446496915278 0.019479874267963344 Aromatic -6.938893903907228e-16 -4.85722573273506e-16 -5.206338832275392e-16
文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。
原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/105030253
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