RDKit | 基于RDKit中和带电分子

化合物的预处理

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import MolStandardize
     
    
  
 

载入数据

  

   

    

     

    
    

     

      smis = ("c1cccc[nH+]1",
     
    
   

    

     

    
    

     
 "C[N+](C)(C)C", "c1ccccc1[NH3+]",
     
    
   

    

     

    
    

     
 "CC(=O)[O-]", "c1ccccc1[O-]",
     
    
   

    

     

    
    

     
 "CCS",
     
    
   

    

     

    
    

     
 "C[N-]S(=O)(=O)C",
     
    
   

    

     

    
    

     
 "C[N-]C=C", "C[N-]N=C",
     
    
   

    

     

    
    

     
 "c1ccc[n-]1",
     
    
   

    

     

    
    

     
 "CC[N-]C(=O)CC")
     
    
  
 

中和带电分子

   

    

     

      

     
     

      

       Before: c1cccc[nH+]1 -> After: c1ccncc1
      
     
    

     

      

     
     

      

       Before: C[N+](C)(C)C -> After: C[N+](C)(C)C
      
     
    

     

      

     
     

      

       Before: c1ccccc1[NH3+] -> After: Nc1ccccc1
      
     
    

     

      

     
     

      

       Before: CC(=O)[O-] -> After: CC(=O)O
      
     
    

     

      

     
     

      

       Before: c1ccccc1[O-] -> After: Oc1ccccc1
      
     
    

     

      

     
     

      

       Before: 
      
     
   
  

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/105119671