RDKit | 基于SSSR区分环状化合物和链状化合物

基于RDKit描述的SSSR概念进行相同的分类。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase, Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
  
 

载入数据

  

   

    

     

    
    

     

      df = pd.read_csv('PD1_inhibitor_dataset.csv')
     
    
   

    

     

    
    

     

      PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(df, 'smiles')
     
    
  
 

GetSSSR函数

SSSR有两个函数：GetSSSR和GetSymmSSSR。

首先，使用GetSSSR函数，这是一个可以获得SSSR数量的函数。

第一个分子的结构。

  

   

    

     

    
    

     

      test_mol = df.loc[0, 'ROMol']
     
    
   

    

     

    
    

     

      Draw.MolToImage(test_mol)
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/105217467