RDKit | RDKit中的药效团特征

提取与蛋白质可能残基相互作用的配体结构的（空间和电子）特征，

1. 功能组类型
2. 相对位置

RDKit中药效团的特征

创建特征

将FDef文件中的信息用于药效团识别

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import os
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import RDConfig
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
  
 

载入FDef文件

  

   

    

     

    
    

     

      fdef = AllChem.BuildFeatureFactory(os.path.join(RDConfig.RDDataDir,'BaseFeatures.fdef'))
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(fdef.GetNumFeatureDefs())
     
    
  
 

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功能族

功能和特性的家族为一个更广义的分类

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/105248525