PyMOL | Pymol绘图教程（一）

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Pymol（1.8.6）作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型

Pymol（1.8.6）作图技巧之创建质心

Pymol | Pymol绘制GridBox图

PyMOL

PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。为什么选择Pymol，因为它是强大的分子可视化软件，具有诸多优点：

• 高质量科学论文发表图形
• 动画制作
• 文档文件和会话文件并存
• 鼠标操作与命令行操作
• 免费的开放源码

缺点：

• 缺乏足够的文件资料
• 没有UNDO功能
• 功能不完善

PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。软件的作者宣称，在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。

PyMOL官网

https://pymol.org/2/

PyMOL维基

https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page

Pymol基本操作

命令行操作

Pymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写。

Pymol的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下：

Pymol> keyword argument

其中关键词（keyword） 如load、 zoom、 color、 set等等， 是必须的， ；

而变量则不是必须的，比如退出命令quit就不需要附加变量：

Pymol> quit

通常情况下需要加变量，当不加任何变量时， Pymol会默认一个变量all。

在Internal GUI中，我们经常要用鼠标对界面中的结构进行操作，所以我们一定要熟悉，All指所有的对象，(sele)是选择的对象按钮

A:代表对这个对象的各种action，

S：显示这个对象的某种样式，

H：隐藏某种样式，

L：显示某种label，

C：显示的颜色

对象选择

Pymol> load name.pdb, name # 载入pdb文件，并命名
Pymol> fetch object # 直接从网上下载，不用加后缀
#如果打开了多个PDB文件，想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：
Pymol> disable object-name Pymol> enable object-name
#删除选定的目标或者整个对象：
Pymol> delete selection-name Pymol> delete object-name

对象显示

Pymol> show representation #以不同方式显示蛋白质结构

Pymol> hide representation

Pymol>as representation #不论原来有多少种表示形式，只显示一种
其中representation可以为：cartoon, ribbon, dots, spheres, surface和mesh。

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