开源化学信息学库 :ScaffoldGraph

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DrugAI 发表于 2021/07/15 01:39:00 2021/07/15
【摘要】 ScaffoldGraph是一个开放源代码化学信息库,使用RDKit和NetworkX构建,用于生成和分析骨架网络和支架树。 1. 特点 骨架网络生成(Varin, 2011) 通过迭代删除可用环来探索骨架空间,从而为一组输入分子生成所有可能的子骨架。输出是分子骨架的有向无环图。 HierS网络生成(Wilkens,2005年) 通过迭代移...

ScaffoldGraph是一个开放源代码化学信息库,使用RDKit和NetworkX构建,用于生成和分析骨架网络和支架树。

1. 特点

  • 骨架网络生成(Varin, 2011)

    通过迭代删除可用环来探索骨架空间,从而为一组输入分子生成所有可能的子骨架。输出是分子骨架的有向无环图。

  • HierS网络生成(Wilkens,2005年)

    通过迭代移除可用环来探索骨架空间,生成所有可能的子骨架,而不会剖析稠密的环系统。

  • 骨架树生成(Schuffenhauer,2007)

    通过从分子骨架中反复去除特征最少的环来探索骨架空间。输出是一棵分子骨架树。

  • Murcko片段生成(Bemis,1996年)

    通过迭代去除可用环,为分子生成一组murcko片段。

  • 化合物集富集(瓦林,2010,2011)

    从初步筛选数据中识别出活性化学系列。

 

2. 与现有软件的比较

  • 骨架网络生成器(SNG

文章来源: drugai.blog.csdn.net,作者:DrugAI,版权归原作者所有,如需转载,请联系作者。

原文链接:drugai.blog.csdn.net/article/details/105355645

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