RDKit | 基于scikit-learn将pytorch用于QSAR模型构建

将PyTorch用于深度学习框架。PyTorch非常灵活，并且有很多文章将其用于实现。

利用scikit-learn一样调用fit来训练pytorch模型，使用skorch可以使训练过程变得简单。

skorch

skorch 一个基于pytorch封装兼容scikit-learn的神经网络库

skorch 安装

pip install skorch
 

QSAR模型构建

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import os
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import RDPaths
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import DataStructs
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      trainsdf = os.path.join(RDPaths.RDDocsDir, 'Book/data/solubility.train.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      testsdf = 
     
    
  
 

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