RDKit | 通过分析活性化合物确定指标阈值

RDKit | PD/PD-L1抑制活性化合物指标分析

RDKit | 基于SSSR区分环状化合物和链状化合物

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase, Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
  
 

载入数据

df = pd.read_csv('PD1_inhibitor_dataset.csv')
 

计算描述符

  

   

    

     

    
    

     

      PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(df, 'smiles')
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      df['MW'] = df.ROMol.map(Descriptors.MolWt)
     
    
   

    

     

    
    

     

      df['MolLogP'] = df.ROMol.map(Descriptors.MolLogP)
     
    
   

    

     

    
    

     

      df['NumHDonors'] = df.ROMol.map(Descriptors.NumHDonors)
     
    
   

    

     

    
    

     

      df['NumHAcceptors'] = df.ROMol.map(Descriptors.NumHAccep
     
    
  
 

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