Chemistry.AI | 基于图卷积神经网络（GCN）预测分子性质

GCN: Graph Convolutional Network(图卷积网络)

环境准备

• Python版本：Python 3.6.8
• PyTorch版本：PyTorch1.1.0
• RDKit版本：RDKit 2020.03.1

基于图卷积神经网络（GCN）预测分子性质

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Crippen import MolLogP
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import torch
     
    
   

    

     

    
    

     

      import time
     
    
  
 

载入数据

  

   

    

     

    
    

     

      max_natoms = 50
     
    
   

    

     

    
    

     

      with open('smiles.txt') as f:
     
    
   

    

     

    
    

     

        smiles = f.readlines()[:]
     
    
   

    

     

    
    

     

        smiles = [s.strip() for s in smiles]
     
    
   

    

     

    
    

     

        smiles = [s.split()[1] for s in smiles]
     
    
   

    

     

    
    

     

        smiles = [s for s in smiles[:30000] if Chem.MolFromSmil
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/105765809