py3Dmol 简介、安装与入门

3Dmol.js

3Dmol.js 是由匹兹堡大学的David Koes组创建的JavaScript库。由于它是生物信息学的研究小组，因此该库将专门设计用于绘制蛋白质的三维结构，但也可用于绘制小分子。

py3Dmol

py3Dmol将是在Jupyter上运行3Dmol.js的小部件。并非所有功能都可以使用，但是许多API是通用的，因此阅读3Dmol.js官方网站是学习的最佳方法。

py3Dmol的一个特性是，一旦分子被加载，即使IPython内核未运行，也可以绘制分子。因此，即使您与其他人共享一个笔记本作为ipynb文件，也可以在另一侧移动该结构。

py3Dmol的安装

pip install py3Dmol

如果要与JupyterLab一起使用，则需要安装扩展程序。

jupyter labextension install jupyterlab_3dmol

py3Dmol示例

  

   

    

     

    
    

     

      import py3Dmol
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      p = py3Dmol.view(query='mmtf:1ycr')
     
    
   

    

     

    
    

     

      p.setStyle({'cartoon': {'color':'spectrum'}})
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      benz='''
     
    
   

    

     

    
    

     

       RDKit 3D
     
    
   

    

     

    
    

     

      
     
    
   

    

     

    
    

     

       6 6 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
     
    
   

    

     

    
    

     

       -0.9517 0.7811 -0.6622 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       0.2847 1.3329 -0.3121 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       1.2365 0.5518 0.3512 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       0.9517 -0.7811 0.6644 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       -0.2847 -1.3329 0.3144 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       -1.2365 -0.5518 -0.3489 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       1 2 2 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       2 3 1 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       3 4 2 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       4 5 1 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       5 6 2 0
     
    
   

    

     

    
    

     

       6 1 1 0
     
    
   

    

     

    
    

     

      M END
     
    
   

    

     

    
    

     

      $$$$'''
     
    
   

    

     

    
    

     

      view = py3Dmol.view()
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.addModel(benz,'sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.setStyle({'stick':{}})
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.setStyle({'model':0},{'stick':{'colorscheme':'cyanCarbon'}})
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.zoomTo()
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      view = py3Dmol.view(query='pdb:1dc9',linked=False,viewergrid=(2,2))
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.setViewStyle({'style':'outline','color':'black','width':0.1})
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.setStyle({'cartoon':{'arrows':True, 'tubes':True, 'style':'oval', 'color':'white'}},viewer=(0,1))
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.setStyle({'stick':{'colorscheme':'greenCarbon'}},viewer=(1,0))
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.setStyle({'cartoon':{'color':'spectrum'}},viewer=(1,1))
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.removeAllModels(viewer=(0,0))
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.addModel(benz,'sdf',viewer=(0,0))
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.setStyle({'stick':{}},viewer=(0,0))
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.zoomTo(viewer=(0,0))
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.render()
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      view = py3Dmol.view(query='pdb:1ycr')
     
    
   

    

     

    
    

     

      chA = {'chain':'A'}
     
    
   

    

     

    
    

     

      chB = {'chain':'B'}
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.setStyle(chA,{'cartoon': {'color':'spectrum'}})
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.addSurface(py3Dmol.VDW,{'opacity':0.7,'color':'white'}, chA)
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.setStyle(chB,{'stick':{}})
     
    
   

    

     

    
    

     

      view.show()
     
    
  
 

参考资料

https://pypi.org/project/py3Dmol/

https://future-chem.com/py3dmol/

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/104793603