RDKit | 将rdMolDraw2D和RDKit生成的结构图输出到Excel

环境

• Windows10
• Python3.6.8
• RDKit 2020.03.3

导入库 

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw, AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
     
    
   

    

     

    
    

     

      from IPython.display import SVG
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import PandasTools
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      from io import BytesIO
     
    
   

    

     

    
    

     

      import copy
     
    
   

    

     

    
    

     

      import xlsxwriter
     
    
   

    

     

    
    

     

      from PIL import Image, ImageFilter
     
    
   

    

     

    
    

     

      from cairosvg import svg2png
     
    
   

    

     

    
    

     

      import argparse
     
    
  
 

定义分子对象产生图片的函数

  

   

    

     

    
    

     

      def generate_image(mol, size):
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

       image_data = BytesIO()
     
    
   

    

     

    
    

     

       view = rdMolDraw2D.MolDraw2DSVG(size[0], size[1])
     
    
   

    

     

    
    

     

       tm = rdMolDraw2D.PrepareMolForDrawing(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

       view.DrawMolecule(tm)
     
    
   

    

     

    
    

     

       view.FinishDrawing()
     
    
   

    

     

    
    

     

       svg = view.GetDrawingTe
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/106261391