CentOS 7.8下安装完美安装配置Rosetta

注意编译过程中需要海量的内存(>=64GB for -j 24)。

硬件环境

CPU: 50 cores

内存： 80GB

1. 安装依赖

yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2
 

2. 编译器的选择

• 使用GCC编译器

最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性，因此我们需要更新系统自带的gcc编译器。如果使用gcc-8.21, 完全可以编译通过Rosetta.

CentOS 7.8升级gcc-8.2

• 使用Clang编译器

版本Clang 3.4.2, 此外你需要额外编译clang版本的openmpi。clang3.4完全兼容C++11 regex。推荐使用！并且更加灵活和快速。

      yum install epel-release
      yum install clang clang-devel clang-analyzer
  
 

3.OpenMPI的编译与安装

• GCC编译环境:

CentOS 7.8安装OpenMPI3.1.0

环境变量配置：

vim ~/.bash_profile

      #OpenMPI
      export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi/bin
      export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/openmpi/lib
  
 

source ~/.bash_profile      #立即生效 

编译安装OpenMPI3.1.0

      tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
      cd openmpi-3.1.0/
      ./configure --prefix=/usr/local/openmpi
      make -j 48
      make install
  
 

• Clang编译环境:

环境变量配置：

vim ~/.bash_profile

export PATH=$PATH:/usr/local/openmpi_clang/bin
 

source ~/.bash_profile      #立即生效 

基于clang编译安装OpenMPI3.1.0

      #自行编译的方法:clang.并创建软连接。
      tar -zxvf openmpi-3.1.0.tar.gz
      cd openmpi-3.1.0/
      ./configure CC=clang CXX=clang++ --prefix=/usr/local/openmpi_clang
      make -j 48
      make install
      ln -s /usr/local/openmpi_clang/bin/mpirun /usr/local/bin/mpiclang
  
 

运行时应该使用mpiclang，而不是mpirun(gcc)，避免影响其他gcc编译软件的并行。

4.Rosetta的编译与安装

环境变量配置：

vim ~/.bashrc      #打开.bashrc 

      #Rosetta
      export ROSETTA=/opt/rosetta2019
      export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
      export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
      export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
      export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
  
 

source ~/.bashrc      #立即生效 

编译多线程模式版本的Rosetta, 此处以调用48个核编译为例:

      tar zxvf rosetta_src_2019.12.60667_bundle.tgz
      mv rosetta_src_2019.12.60667_bundle.tgz rosetta2019
      cd $ROSETTA/main/source/
      # 使用gcc编译:
      ./scons.py -j 48 mode=release bin extras=mpi #gcc
      # 使用clang编译:
      ./scons.py -j 48 mode=release bin extras=mpi cxx=clang
  
 

5. 测试运行

      antibody.mpi.linuxgccrelease # gcc
      antibody.mpi.linuxclangrelease # clang
  
 

参考资料

1. https://zhuanlan.zhihu.com/p/58384830

2. https://www.cnblogs.com/wq242424/p/5110301.html

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