RDKit | RDKit分子结构图的详细说明

        二维绘制结构式是人类了解分子形状和特性的第一步。

        RDKit中有多个绘制引擎，通过使用不同的方法绘制的结构在外观上有所不同。这次将深入研究RDKit的结构图，并说明SVG格式的绘制方法，该方法自2015.03更新起可用。可能有很多细节，但是了解幕后发生的事情通常会很有帮助。

导入模块和载入数据

首先，导入必要的库和分子。需要2020.03或更高版本的RDKit。 

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase, Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem, Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
     
    
   

    

     

    
    

     

      from IPython.display import SVG
     
    
   

    

     

    
    

     

      print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)
     
    
  
 

rdkit version:  2020.03.1

  

   

    

     

    
    

     

      suppl = Chem.SDMolSupplier('sdf_20191011165056.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols = [x for x in suppl if x is not None]
     
    
   

    

     

    
    

     

      len(mols)
     
    
  
 

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