RDKit | 从ChEMBL数据库提取大分子HELM单体（XML转换为DataFrame并搜索部分结构)

研究大分子的HELM表示。HELM具有分层结构，并结合了单体来代表聚合物（例如肽）。

HELM的特征是其表达的可扩展性，还可以通过将原始单体添加到单体库中来表达不自然的结构。

另一方面，由于HELM表达式使用缩写（ID），所以如果不共享单体库，则存在指定具有相同ID的不同单体的风险，因此了解单体库很重要。

找出什么样的单体信息存储在ChEMBL中，这是HELM也处理的熟悉的数据库。

具体旨在读取XML文件中提供的单体库，并将其转换为Pandas DataFrame。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import xml.etree.ElementTree as ET
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      tree = ET.parse('chembl_27_monomer_library.xml')
     
    
   

    

     

    
    

     

      root = tree.getroo
     
    
  
 

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