RDKit | 多肽HELM字符串格式与分子Mol格式间的转换

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      from rdkit import rdBase, Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw, rdDepictor
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)
     
    
  
 

rdkit version:  2020.03.2

  

   

    

     

    
    

     

      Oxytocin_mol = Chem.MolFromHELM('PEPTIDE1{C.Y.I.Q.N.C.P.L.G.[am]}$PEPTIDE1,PEPTIDE1,1:R3-6:R3$$$')
     
    
   

    

     

    
    

     

      Oxytocin_mol
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
     
    
   

    

     

    
    

     

      Oxytocin_mol
     
    
  
 

  

   

    

     

    
    

     

      Oxytocin_helm = Chem.MolToHELM(Oxytocin_mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      print("Generated HELM Notation: ", Oxytocin_helm)
     
    
  
 

Generated HELM Notation:  PEPTIDE1{C.Y.I.Q.N.C.P.L.G.[am]}$PEPTIDE1,PEPTIDE1,1:R3-6:R3$$$

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