RDKit | 基于最大公共子结构(MCS)的分子比对

导入库

      from rdkit import Chem, rdBase
      from rdkit.Chem import AllChem
      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
      from rdkit.Chem import Draw
      from rdkit.Chem import rdDepictor
      from rdkit.Chem import rdFMCS
      from rdkit.Chem import TemplateAlign
      IPythonConsole.ipython_useSVG = True
      rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
      print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)
  
 

rdkit version:  2020.03.2

载入数据，计算MCS（最大公共子结构）

      sildenafil = Chem.MolFromSmiles('CCCC1=NN(C)C2=C1NC(=NC2=O)C1=C(OCC)C=CC(=C1)S(=O)(=O)N1CCN(C)CC1')
      vardenafil = Chem.MolFromSmiles('CCCC1=NC(C)=C2N1NC(=NC2=O)C1=C(OCC)C=CC(=C1)S(=O)(=O)N1CCN(CC)CC1')
      rdDepictor.Compute2DCoords(sildenafil)
      rdDepictor.Compute2DCoords(vardenafil)
      res = rdFMCS
  
 

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