RDKit | 基于最大公共子结构(MCS)的分子比对

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem, rdBase
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdDepictor
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdFMCS
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import TemplateAlign
     
    
   

    

     

    
    

     

      IPythonConsole.ipython_useSVG = True
     
    
   

    

     

    
    

     

      rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
     
    
   

    

     

    
    

     

      print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)
     
    
  
 

rdkit version:  2020.03.2

载入数据，计算MCS（最大公共子结构）

  

   

    

     

    
    

     

      sildenafil = Chem.MolFromSmiles('CCCC1=NN(C)C2=C1NC(=NC2=O)C1=C(OCC)C=CC(=C1)S(=O)(=O)N1CCN(C)CC1')
     
    
   

    

     

    
    

     

      vardenafil = Chem.MolFromSmiles('CCCC1=NC(C)=C2N1NC(=NC2=O)C1=C(OCC)C=CC(=C1)S(=O)(=O)N1CCN(CC)CC1')
     
    
   

    

     

    
    

     

      rdDepictor.Compute2DCoords(sildenafil)
     
    
   

    

     

    
    

     

      rdDepictor.Compute2DCoords(vardenafil)
     
    
   

    

     

    
    

     

      res = rdFMCS
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/111478970