RDKit | 基于R基团分解(R-group decomposition)高亮分子

一组共享一个共同骨架的分子上做R基分解（RGD，R-group decomposition），为那些对准骨架的分子生成坐标，并生成分子图像，其中的R基团被涂上了颜色，使它们容易被挑选出来。

注：RDKit版本≥2020.09.1

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import rdkit
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
     
    
   

    

     

    
    

     

      IPythonConsole.molSize=(450,350)
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdRGroupDecomposition
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdqueries
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import rdDepictor
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Geometry
     
    
   

    

     

    
    

     

      rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
     
    
   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from IPython.display import SVG,Image
     
    
   

    

     

    
    

     

      from ipywidgets import interact
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(rdkit.__version__)
     
    
  
 

2020.09.1

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/112233158