RDKit | 基于多片段的分子生成（骨架A+骨架B+骨架C）

• 通过BRICS算法产生片段库
• 通过结合三个片段（A，B，C）生成ABC型分子。

环境

• Win10
• RDKit2020.09.1
• Python=3.7.9

基于多片段的分子生成

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      import itertools
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import rdBase, Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem, Draw, BRICS, Descriptors
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(rdBase.rdkitVersion)
     
    
  
 

2020.09.1

载入数据

  

   

    

     

    
    

     

      suppl = Chem.SDMolSupplier('logSdataset1290_2d.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols_list = [mol for mol in suppl if mol is not None]
     
    
  
 

准备片段数据集

  

   

    

     

    
    

     

      fragment_set = set()
     
    
   

    

     

    
    

     

      for mol in mols_list:
     
    
   

    

     

    
    

     

       fragment = 
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

原文链接：drugai.blog.csdn.net/article/details/112688556