RDKit | 基于RDKit操纵分子结构（骨架转换）

环境

• Win10
• RDKit2020.09.1
• Python=3.7.9

RDKit操纵分子结构

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      import pandas as pd
     
    
   

    

     

    
    

     

      import numpy as np
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit import Chem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem, Draw
     
    
  
 

Mol对象和SMILES之间转换

  

   

    

     

    
    

     

      mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1')
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     
 
     
    
   

    

     

    
    

     

      smiles = Chem.MolToSmiles(mol)
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(smiles)
     
    
  
 

<rdkit.Chem.rdchem.Mol object at 0x0000023659197B20>
c1ccccc1

如果你把它转换为Mol对象，然后再把它转换回SMILES，它就变成了canonical SMILES。
当你想要标准化SMILES符号方法时，比如在数据库中使用SMILES字符串作为键搜索化合物时，建议使用这种方法。

  

   

    

     

    
    

     

      print(Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromSmiles('C1=CC=CN=C1')))
     
    
   

    

     

    
    

     

      # 'c1ccncc1'
     
    
   

    

     

    
    

     

      print(Che
     
    
  
 

文章来源: drugai.blog.csdn.net，作者：DrugAI，版权归原作者所有，如需转载，请联系作者。

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