RDKit | 化合物亚结构搜索与结果输出

环境

• Python 3.6
• RDKit 2019

方法

假定搜索目标化合物作为Mol字符串包含在称为mols的列表中。 可以在以下流程中执行部分结构搜索，并突出显示匹配化合物的匹配部分结构。

导入库

  

   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import AllChem
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import Draw, Descriptors
     
    
   

    

     

    
    

     

      from rdkit.Chem import PandasTools
     
    
  
 

生成部分结构作为查询

  

   

    

     

    
    

     

      query = AllChem.MolFromSmiles("c1ccccc1c1ccccc1")
     
    
   

    

     

    
    

     

      Draw.MolToImage(query)
     
    
  
 

分子库

  

   

    

     

    
    

     

      suppl = AllChem.SDMolSupplier('structures.sdf')
     
    
   

    

     

    
    

     

      mols = [x for x in suppl if x is not None]
     
    
   

    

     

    
    

     

      print (le
     
    
  
 

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