Pindel可以从下一代序列数据中以单基因分辨率检测大缺失、中等大小插入、倒位、串联重复和其他结构变异的断点。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

配置编译环境

1. 安装相关依赖

   yum install git  -y

2. 安装HTSlib依赖。

   yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y

3. 安装HTSlib。

   下面命令行中，“<path/to/htslib>”为HTSlib安装目录，请配置为实际待安装的路径。

   cd /usr/local/src

   wget https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.10.2/htslib-1.10.2.tar.bz2

   tar -jxvf htslib-1.10.2.tar.bz2

   cd htslib-1.10.2

   ./configure --prefix=<path/to/htslib>

   make -j4 && make install

   ln -s /usr/local/lib/libhts.so.3 /usr/lib/libhts.so.3

   sudo ldconfig

获取源码

获取“pindel v0.2.5b8”源码包。

cd /usr/local/src

git clone https://github.com/genome/pindel.git

编译和安装

1. 进入源码包。

   cd pindel

2. 编译Pindle。

   下面命令行中，“<path/to/htslib>”为HTSlib安装目录。

   ./INSTALL <path/to/htslib>

运行和验证

查看Pindel版本信息。

./pindel -v

当系统回显类似如下信息是，表示Pindel安装成功。

Initializing parameters...
argument of -v lacking
Pindel verison 0.2.5b9,20160729.
Required oarameter -f/--fasta the reference genome sequences in fasta format needs to be set.

2 故障排除

问题一：运行Pindel时候提示“cannot open shared object file: No such file or directory”

问题描述：

执行时，提示信息如下：

[root@ecs ~] delly -vdelly: error while loading shared libraries: libhts.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory

问题原因：

linux缺少动态连接库“.so”，或者动态链接库存在，但是路径不在系统搜索路径里，导致程序链接不到报错。

解决方法：

本文是由于安装HTSlib后，库“libhts.so.3”在“/usr/local/lib”目录下，导致系統无法判断该库放在哪个目录下。

可以采用如下办法解决。

ln -s /usr/local/lib/libhts.so.3 /usr/lib/libhts.so.3

sudo ldconfig