鲲鹏云服务器移植RNACocktail

RNACocktail-pipeline由用于RNA-Seq分析不同步骤的高精度工具组成。它可以对短读技术和长读技术进行广谱的RNA-Seq分析，以从转录组数据中获得有意义的解析。

开发语言：python

一句话描述：准确高效的RNA-Seq分析的综合框架

开源协议：Apache 2.0

建议的版本

根据实际需要选择版本，本文档以“RNACocktail release 0.3.1”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

配置编译环境

1. 安装相关依赖。

   yum install python2 python2-devel BEDTools zlib-devel bzip2-devel xz-devel -y

2. 安装samtools，参考https://www.huaweicloud.com/kunpeng/software/samtools.html

3. 安装hisat2，参考https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0014.html

4. 安装stringtie，参考https://www.huaweicloud.com/kunpeng/software/stringtie.html

5. 安装相关python包。

   pip install pybedtools

获取源码

获取“RNACocktail release 0.3.1”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/bioinform/rnacocktail/archive/v0.3.1.tar.gz

编译和安装

1. 解压并进入源码目录。

   tar -zxvf v0.3.1.tar.gz

   cd rnacocktail-0.3.1

2. 执行编译脚本。

   python setup.py install

运行和验证

1. 编辑测试脚本

   测试脚本中直接使用下载的x86版的stringtie、hisat2和smatools进行测试，在鲲鹏服务器上无法使用，因此需要把脚本中的相应软件替换成我们自己安装的版本。

   cd test

   vim test_run.sh

   修改前

   echo "Download HISAT2 binaries"
   wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip
   
   echo "Unzip HISAT2 binaries"
   unzip hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip
   
   echo "Index genome with HISAT2"
   ./hisat2-2.0.5/hisat2-build Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.fa Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.HISAT2
   
   echo "Test alignment step using HISAT2"
   run_rnacocktail.py align --align_idx Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.HISAT2 --outdir out --workdir work --ref_gtf Homo_sapiens.GRCh37.75.chromosome.21.gtf --1 ../A1_1.fq.gz  --2 ../A1_2.fq.gz --hisat2 hisat2-2.0.5/hisat2 --hisat2_sps hisat2-2.0.5/hisat2_extract_splice_sites.py  --samtools samtools --sample A
   
   echo "Download StringTie binaries"
   wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.3.Linux_x86_64.tar.gz
   
   echo "Untar StringTie binaries"
   tar -xzvf stringtie-1.3.3.Linux_x86_64.tar.gz
   
   echo "Test reconstruction step using StringTie"
   run_rnacocktail.py reconstruct --alignment_bam work/hisat2/A/alignments.sorted.bam --outdir out --workdir work --ref_gtf Homo_sapiens.GRCh37.75.chromosome.21.gtf --stringtie stringtie-1.3.3.Linux_x86_64/stringtie --sample A
   
   

   修改后(加粗部分需要修改，其他部分不变。加“#”为屏蔽掉stringtie和hisat2的下载和安装，因为我们自己已经安装过了。其他加粗部分分别为hisat2、samtools和stringtie的安装路径)

   #echo "Download HISAT2 binaries"
   #wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip
   
   #echo "Unzip HISAT2 binaries"
   #unzip hisat2-2.0.5-Linux_x86_64.zip
   
   echo "Index genome with HISAT2"
   /opt/hisat2-2.0.5/hisat2-build Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.fa Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.HISAT2
   
   echo "Test alignment step using HISAT2"
   run_rnacocktail.py align --align_idx Homo_sapiens.GRCh37.75.dna.chromosome.21.HISAT2 --outdir out --workdir work --ref_gtf Homo_sapiens.GRCh37.75.chromosome.21.gtf --1 ../A1_1.fq.gz  --2 ../A1_2.fq.gz --hisat2 /opt/hisat2-2.0.5/hisat2 --hisat2_sps /opt/hisat2-2.0.5/hisat2_extract_splice_sites.py  --samtools /usr/bin/samtools --sample A
   
   #echo "Download StringTie binaries"
   #wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.3.Linux_x86_64.tar.gz
   
   #echo "Untar StringTie binaries"
   #tar -xzvf stringtie-1.3.3.Linux_x86_64.tar.gz
   
   echo "Test reconstruction step using StringTie"
   run_rnacocktail.py reconstruct --alignment_bam /opt/hisat2-2.0.5/A/alignments.sorted.bam --outdir out --workdir work --ref_gtf Homo_sapiens.GRCh37.75.chromosome.21.gtf --stringtie /opt/stringtie/stringtie --sample A
   
   

2. 执行测试脚本

   ./test_run.sh

   执行完毕后再最后一行会出现“All Done!”的回显信息，