鲲鹏云服务器移植subread

简要介绍

一种通用的read对比软件，它可以对比基因组DNA-seq和RNA-seq的reads，也可以用于发现基因组突变，包括短插入确实和结构变异。

建议的版本

建议使用版本为“subread-2.0.1”。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

配置编译环境

安装相关依赖。

yum install -y zlib-devel

获取源码

获取“subread-2.0.1”源码包。

cd /usr/local/

wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.1/subread-2.0.1-source.tar.gz/download -O subread-2.0.1.tar.gz

编译和安装

1. 解压并进入源码包。

   tar -zxvf subread-2.0.1.tar.gz && cd subread-2.0.1-source

2. 修改Makefile文件。

   分别修改“src/Makefile.Linux”和“src/longread-one/Makefile”文件，将“CCFLAGS”设置的“-mtune=core2”删除。

   vim src/Makefile.Linux

   vim src/longread-one/Makefile

   修改前

   CCFLAGS = -mtune=core2 ${MACOS} -O${OPT_LEVEL} -Wall  -DMAKE_FOR_EXON  -D MAKE_STANDALONE -D SUBREAD_VERSION=\"${SUBREAD_VERSION}\"  -D_FILE_OFFSET_BITS=64

   修改后

   CCFLAGS =  ${MACOS} -O${OPT_LEVEL} -Wall  -DMAKE_FOR_EXON  -D MAKE_STANDALONE -D SUBREAD_VERSION=\"${SUBREAD_VERSION}\"  -D_FILE_OFFSET_BITS=64

3. 编译subread。

   cd /usr/local/subread-2.0.1-source/src

   make -j4 -f Makefile.Linux

4. 设置环境变量。

   将“export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”写入“/etc/profile”文件最后一行。

   vim /etc/profile

   export PATH=/usr/local/subread-2.0.1-source/bin:$PATH

   source /etc/profile

运行和验证

1. 查看subread版本信息。

   subread-align -v

   回显如下信息则表示subread安装成功。

   Subread-align v2.0.1