鲲鹏云服务器源码安装STAR-Fusion

STAR-Fusion是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件。

根据实际需要选择版本，本文档以“STAR-Fusion-v1.6.0”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

配置编译环境

1. 安装相关依赖。

   yum install perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Data-Dumper perl-DB_File perl-JSON-XS -y

2. 安装STAR-2.7.0f,参考https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0022.html

3. 安装samtools，参考https://www.huaweicloud.com/kunpeng/software/samtools.html

获取源码

获取“STAR-Fusion-v1.6.0”源码包。

cd /usr/local/src

wget https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/releases/download/v1.6.0/STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz

编和安装

1. 解压并进入进入源码包。

   tar -zxvf STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz && cd STAR-Fusion-v1.6.0

2. 编译STAR-Fusion。

   make -j12

运行和验证

1. 下载测试所需的文件。

   cd /opt

   wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/__genome_libs_StarFv1.6/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz

   tar -zxvf GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz

2. 执行测试程序。

   cd /usr/local/src/STAR-Fusion-v1.6.0/testing

   gzip -d reads_1.fq.gz

   gzip -d reads_2.fq.gz

   ../STAR-Fusion --left_fq reads_1.fq --right_fq reads_2.fq --genome_lib_dir  /opt/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play/ctat_genome_lib_build_dir --CPU 12

   执行完毕后出在当先目录下生成一个“STAR-Fusion_outdir”目录，输出文件全部在该目录中，并且现如下回显。

   * STAR-Fusion complete. See output: star-fusion.fusion_candidates.tsv(or .abridged.tsv version)