鲲鹏云服务器源码安装BreakDancer

BreakDancer是一个C++软件包，可提供下一代配对末端测序读取的全基因组结构变异检测。它包括两个补充程序，BreakDancerMax预测五种类型的结构变异；BreakDancerMini专注于使用正态映射的读取对检测小插入缺失。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

配置编译环境

1. 安装相关依赖。

   yum install wget git cmake make zlib-devel ncurses ncurses-devel bzip2 gcc -y

2. 安装gcc8.3。

   请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安装。

获取源码

获取“BreakDance”源码包。

cd /usr/local/src

git clone --recursive  https://github.com/genome/breakdancer.git

编和安装

1. 创建build目录。

   cd breakdancer

   mkdir build && cd build

2. 创建Makefile文件。

   cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=release -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/breakdancer

3. 编译安装BreakDancer。

   make -j4 && make install

运行和验证

1. 查看可执行程序帮助信息。

   /usr/local/breakdancer/bin/breakdancer-max --help

   当系统回显类似如下信息是，表示BreakDancer安装成功执行成功。

   breakdancer-max version 1.4.5-unstable-66-4e44b43-dirty (comit 4e44b43-dirty)
   
   usage: breakdancer-max <analysis.config>
   
   Options:
   -o STRING            operate on a single chromesome  [all chromosome]
   -s INT               minimum length of a region [7]
   ...                  ...