简要介绍

Speedseq是一个快速基因组分析和注释的灵活框架，发表在Nature Method（http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/full/nmeth.3505.html）上封装了大量基因组分析的软件，比如比对软件BWA，calling SNP软件freebays，SV鉴定软件lumpy等。

开发语言：C

一句话描述：快速基因组分析和解析的框架

开源协议：MIT

建议的版本

根据实际需要选择版本，本文档以“speedseq 最新版”为例进行说明。

环境要求

云服务器要求

本文以云服务器KC1实例测试，云服务器配置如表 云服务器配置所示。

操作系统要求

操作系统要求如表 操作系统要求所示。

配置编译环境

1. 安装相关依赖

   yum install -y gcc gcc-c++ make cmake python2 python2-numpy scipy gawk zlib zlib-devel bzip2-devel xz-devel ncurses-devel

2. 安装HTSlib

3. 安装cython

   pip install cython

4. 安装pysam

   pip install cython

   pip install pysam

获取源码

获取“speedseq最新版”源码包。

cd /usr/local/src

git clone --recursive https://github.com/hall-lab/speedseq.git

编译和安装

1. 进入speedseq目录

   cd /usr/local/src/speedseq

2. 下载“sse2neon.h”文件

   wget https://github.com/jratcliff63367/sse2neon/archive/master.zip

   unzip master.zip

   mv ./sse2neon-master/SSE2NEON.h ./sse2neon-master/sse2neon.h

   cp ./sse2neon-master/sse2neon.h ./src/bwa

3. 修改“ksw.c”程序中引用的头文件，注释掉“#include <emmintrin.h>”，增加“#include "sse2neon.h"”，修改完成后，保存退出。

   vim ./src/bwa/ksw.c

   4.编译speedseq

         make -j4

   5.生成的speedseq工具加入环境变量

          编辑/etc/profile

         vim /etc/profile

         在文件末尾加入如下内容：

    export PATH="$PATH:/usr/local/src/speedseq/bin"

          按Esc，输入wq！退出

          环境变量生效

          source  /etc/profile

运行和验证。

执行如下命令，查看speedseq版本。

speedseq

回显信息如下，则表示speedseq安装成功。

故障排除

问题一：编译报“configure: error: cannot guess build type; you must specify one”等错误

问题描述：

执行make，报“configure: error: cannot guess build type; you must specify one”错误。

问题原因：

通过截图看出，进入src/mbuffer，执行./configure --prefix=/usr/local/src/speedseq步骤时候，不能匹配到机器类型。

解决方法：

通过修改配置“config.sub”后，指定配置类型进行解决。

1. 修改配置文件。

   cd /usr/local/src/speedseq

   vi ./src/mbuffer/config.sub

   查找“x86”内容的位置，在其位置后面增加“aarch64”类型。

   在“case $basic_machine in”区域的两个位置修改。

1. 修改下述内容。

   | x86 | xscale | xscalee[bl] | xstormy16 | xtensa \

   修改后为：

   | x86 | aarch64 | xscale | xscalee[bl] | xstormy16 | xtensa \

2. 修改下述内容。

   | x86-* | x86_64-* | xps100-* | xscale-* | xscalee[bl]-* \

   修改后为：

   | x86-* | aarch64-* | x86_64-* | xps100-* | xscale-* | xscalee[bl]-* \

2. 修改Makefile

   vim Makefile

   修改生成mbuffer部分的脚本，在./configure后面加参数--host=aarch64 --build=aarch64，修改后内容如下：