基因测序：鲲鹏kc1源码方式安装软件BCFtools
【摘要】 BCFtools是一组实用程序，以Variant Call Format（VCF）及其二进制副本BCF处理变量调用。 所有命令都可以与未压缩和BGZF压缩的VCF和BCF透明地一起使用。1 安装准备华为云购买一台鲲鹏服务器本文以云服务器KC1实例搭建，云服务器配置如表1-1所示。表1-1 云服务器配置项目说明规格kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB磁盘系统盘：...
BCFtools是一组实用程序，以Variant Call Format（VCF）及其二进制副本BCF处理变量调用。 所有命令都可以与未压缩和BGZF压缩的VCF和BCF透明地一起使用。
1 安装准备
华为云购买一台鲲鹏服务器
本文以云服务器KC1实例搭建，云服务器配置如表1-1所示。
表1-1 云服务器配置
项目 |
说明 |
规格 |
kc1.large.2 | 4vCPUs | 8GB |
磁盘 |
系统盘：高IO（40GB） |
操作系统要求如表1-2所示。
表1-2 操作系统要求
项目 |
说明 |
下载地址 |
CentOS |
7.6 |
在公共镜像中已提供。 |
Kernel |
4.14.0 |
在公共镜像中已提供。 |
2 配置编译环境
yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel -y
3 安装
1) 获取源码
cd /usr/local/src wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.9/bcftools-1.9.tar.bz2
2) 编译安装
tar -jxvf bcftools-1.9.tar.bz2 cd bcftools-1.9 ./configure --prefix=/usr/local/bcftools make -j4 make install
3) 配置bcftools环境
在文件/etc/profile末尾添加如下内容。
export PATH=/usr/local/bcftools/bin:$PATH
按Esc，并且输入wq!保存退出。
输入如下命令，使环境变量生效。
source /etc/profile
4 运行和验证
测试数据。
“test”目录下有很多例子，通过输入如下命令，进行测试。
cd /usr/local/src/bcftools-1.9 make test
当系统回显类似如下信息是，表示BCFtools测试成功。
Number of test: total .. 823 passed .. 823 failed .. 0
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